1945年3月7日，美军意外地在莱茵河的雷马根地区夺占了没有来得及被炸掉的鲁登道夫大桥。为了挽回颓势，希特勒密令约德尔，让斯科尔兹内派出蛙人将这座大桥炸掉。斯科尔兹内立刻向约德尔提出了抗议，因为几个月前他在荷兰的奈梅亨干过同样的活儿，去炸横跨马斯河的一座大桥，结果损失惨重。正是早春，莱茵河的河水只有零度上下，而且美军也吸取了奈梅亨的教训，在上游几公里处便设置了桥头堡，德国蛙人无法偷偷下水。日后斯科尔兹内这样写道：“这是我头一次拒绝命令。”不过最后他向约德尔答应说可以试一试。
结果斯科尔兹内的预料完全成了现实。几名蛙人游进了湍急冰冷的河水后再也没有露出水面，另外几位蛙人则被两岸的美军用探照灯发现，乖乖地举手投降了。鲁登道夫大桥自己在几天后轰然垮塌，不过这是德国工兵撤退前炸了一次的结果，跟斯科尔兹内的蛙人部队没有一点关系了。
不久之后，斯科尔兹内又被召到元首大本营，这一次他发现希特勒脱离实际的情况越来越严重。希特勒看到自己心爱的指挥官时劈头说道：“亲爱的斯科尔兹内，你在奥得河干得不错，我到现在还没感谢你哩！……每天我都可以听到很多新闻，但是能够使我感到安慰的新闻总是来自你的战线。我准备发给你橡叶骑士十字勋章，而且亲手为你佩带！……关于上一次的任务，你可以慢慢地向我说明，今后我仍将借重于你，好自为之！”说完之后，希特勒缓慢地站了起来，佝偻着后背，仿佛是一个万病缠身的老头。自这次召见之后斯科尔兹内就再也没有见到希特勒了。
其后不久，斯科尔兹内只身前往南德意志和奥地利，一面报告当地的一般局势，一面奉命增强“阿尔卑斯要塞”的兵力。“阿尔卑斯要塞”是德国人最后幻想出来的空中楼阁，一小群死忠的纳粹分子决定以此为根据地进行最后的顽抗。路过维也纳时，他决定到自己的家乡再看上一眼。此时在维也纳附近的公路上已经挤满了西逃的难民和士兵，斯科尔兹内狂按着喇叭，试图在人潮中开出一条通路。忽然他发现一个健康的军士赶着马车招摇而过，车上装着家具和包裹，周围一群伤兵却在步行，斯科尔兹内猛地停下车来，拦住马车，然而赶车的军士却无动于衷，于是斯科尔兹内一把将他拎下车来，左右开弓给了他两记耳光，大吼着说：“把车上的东西都丢下来！给伤兵腾出位置！”在斯科尔兹内的吼叫下那名军士乖乖地听从了命令。为了使他彻底遵守命令，斯科尔兹内将其解除武装，把他的手枪递给一名伤兵，嘱咐道：“监视着他！让他尽量载满伤兵！”
看到此景，斯科尔兹内意识到东线算是完蛋了。日后他如此写道：“在这种翻天覆地的剧变之下，人类为了保持自己的生命起见，自私的弱点暴露无遗……”
等他最终赶到维也纳时天已黄昏，此时到处谣传说苏军已经开进了维也纳城。斯科尔兹内来到了母亲的住所，迎接他的是遍地的残瓦和倚斜的梁柱。邻居说两天之前斯科尔兹内太太就和家人疏散了。他又来到弟弟家，情况也大同小异。最后斯科尔兹内来到上过班的工厂，发现厂子仍在全力工作。他在市中心的疯人塔附近拦住两位上了年纪的警察，询问战况，其中一个花白头发的警察答道：“中校阁下，我们就是维也纳最后的防御队了！”在维也纳城防司令部，斯科尔兹内意外地见到了城防司令席腊赫，后者曾是纳粹青年运动的领袖。他失望地发现席腊赫除了空喊口号外什么也不会干，于是匆匆地离开了维也纳，前往阿尔卑斯山，
在阿尔卑斯山，斯科尔兹内和从柏林赶来的拉德尔花了几天的时间去寻找希特勒和戈培尔吹了半天牛皮的“国民堡垒”，但找到的只是运来补给品的马车和卡车，一两处钢筋水泥工事，已经早已生了锈的兵工厂机器而已。他们无论如何也不能相信自己的眼睛，斯科尔兹内悲痛万分，认为万事已休了。
如今斯科尔兹内必须考虑一下自己的将来了。一个相熟的空军飞行员要把他带到西班牙，但是遭到了拒绝，斯科尔兹内拒绝抛弃手下独自逃命。他解散了手下，尤其是来自比利时和荷兰的志愿者，还发给他们一些从柏林带出来的美元和珠宝作为逃命路费，之后与拉德尔等人一起藏在山中的滑雪小屋里，等待战争的结束。
1945年5月8日德国宣布投降。此时斯科尔兹内仍在山间小屋里平安地过日子，直到有一天山谷间的农民来报告说美军正在全力搜捕他，斯科尔兹内才下决心向美军投降。他给附近的美军指挥官写了一封信，让这位农民带去，然而这信却如泥牛入海，几天后他又写了一封信，结果仍是毫无动静，讽刺的是此时美军仍在通过电台和报纸在全欧洲通缉他。最后斯科尔兹内决定带着拉德尔和另外两名手下下山投降。
然而即使向美军投降也不是一帆风顺的。他们到了萨尔茨堡的美军司令部，向一名上士说出了自己的身份，这位上士却说不曾听到过有关斯科尔兹内来投降时如何处置的指示，于是又派人驱车带他们前往师部。路上开车的美军士兵得知他的大名后竟然说：“如果你真的是斯科尔兹内的话，就痛快的喝一顿吧！因为今晚你可能就上绞架了！”
在第42师的司令部，没人对斯科尔兹内一行表示出有兴趣的样子，还让他们靠边站。然而在他们的身份被核实后情况就不同了，斯科尔兹内回忆道：“一下子从房间的四个房门里出来四个士兵，都把手里的冲锋枪对准了我。”在美军司令部里，斯科尔兹内先被搜身检查毒药，然后反绑着双手牵到了记者招待会上。他的投降成了当天最轰动的新闻。
1947年8月18日，已在战俘营中度过了2年时光的斯科尔兹内与其他10名党卫军战犯一起被带到达豪接受审判。美军军事法庭对斯科尔兹内的指控主要有两点：1、指使第150装甲旅的士兵伪装成美军，使用美军的旗帜、徽章和制服，混入盟军队伍中制造混乱，这违反了国际法中关于“在实际交战中，交战双方必须明确身份”的原则；2、企图谋杀艾森豪威尔。
斯科尔兹内的辩护律师罗伯特·达斯多则强调，第150旅的士兵们只是在夜幕中前往目标的过程中身穿美军制服，而一旦被发现，他们立即脱掉美国军服，恢复德军装扮。而关于在实际战斗中使用敌方制服方面，当时的相关法律中的规定并不明确。达斯多认为，国际法中并没有明确禁止使用敌方军服，而只是强调“禁止不恰当地使用”，因此，相关规则应理解为：“士兵在偷偷潜入敌方侦察或为保护自身不受伤害时，可以穿着敌方军服，但在实际交战时，必须穿戴与敌人有明显区别的服装或徽章。”
负责审判的美陆军上校罗森福尔德却不赞同达斯多的辩护理由，认为其士兵在被敌人发现后，在向对方开枪前脱下伪装的行为毫无意义，因为对方已经被欺骗，在战斗中已处于不公平的弱势。但达斯多辩护说，盟军在战争中也会采用这种方式执行一些任务，并且请到了英国空军传奇性的特种部队指挥官福雷斯特·托马斯中校作证，证实他们为营救被德军关押的战友，也曾让部下带着武器、身穿德军制服、用伪造的德军证件到德军监狱里活动，并承认，若暴露身份或感到有危险，他们也会毫不犹豫地开枪。托马斯的证词起到了关键作用，对斯科尔兹内的这项控罪撤销。对他的第2项控罪也因证据不足而撤销。
然而，宣布无罪后的斯科尔兹内并没有获释，不久之后，他被送到德国中部达姆施塔特的“非纳粹化”战俘营。其间盟军有6次准备将他释放，但都因政治原因或者官僚文牍而拖延了。斯科尔兹内此时已经熬不下去了，他写信给托马斯上校征求意见，后者的回答只有两个字：“逃跑！”。
1948年7月27日，斯科尔兹内再次发挥了特种兵的才能，躲进一辆货车里逃出了战俘营。货车在离达姆施塔特16公里的森林中停了下来，那里有人拿着衣箱等着他的到来。斯科尔兹内迅速换上平民服装，搭乘货车前往斯图加特。第二天他来到了贝希特斯加登，并在那里隐藏起来。其间他曾写信给西德政府征求意见，西德政府非正式地同意他隐藏起来，不要随意露面。为逃避盟国和犹太人的追踪，他隐姓埋名，还把棕红色的头发染成了黄色。
东躲西藏了18个月后，斯科尔兹内手拿罗马教廷签发的“难民”护照来到西班牙，在那里得到了独裁者佛朗哥将军的庇护，获得了西班牙护照，并恢复了其战前的身份——工程师。他向朋友借了一笔金钱，开设了一家工业技术公司，在1952年成交了一笔当时西班牙最大的买卖，将价值500万美元的铁路车辆和工具卖给西班牙。
同是在1952年，联邦德国政府终于宣布斯科尔兹内并未犯下战争罪，他终于可以在各国间游走。此后斯科尔兹内曾以顾问的身份为埃及总统纳赛尔工作，随后又来到阿根廷，与庇隆总统关系密切。他帮助庇隆组建了南美最凶残的秘密警察力量，还担任庇隆夫人的贴身保镖，至少挫败了一次暗杀阴谋。当然，他也因此获得了回报——庇隆夫人从其名下基金会（极有可能是鲍曼自德国转移出的纳粹财富）的财产中划拨了一部分给斯科尔兹内。
此外，他还致力于帮助尚在狱中的前纳粹军官们获释或逃跑，其中最知名的有派珀（Joachim Peiper）、塞普·迪特里希（Sepp Dietrich）和迈耶（Kurt “Panze” Meyer）。曾有报道称斯科尔兹内手中握有丘吉尔与墨索里尼在整个战争期间一些秘密谈判的证据或文件，他曾威胁丘吉尔，如果不释放这些战俘，他将把证据公诸于世。在斯科尔兹内的帮助下，有超过500名纳粹军官经西班牙逃往南美。
此后关于斯科尔兹内的流言继续满天飞。有消息称苏伊士战争期间他曾经训练埃及蛙人去炸英法的军舰；有人说他接受阿联（阿拉伯联合共和国，1958年由埃及和叙利亚组成，1961年叙利亚，1971年重新恢复“埃及”旧名）的委托，以50万英镑的代价绑架摩洛哥国王；还有传言称，斯科尔兹内于1952年利用所谓的“敖得萨组织”（ODESSA，意为“前党卫军成员组织”，实际名称为Die Spinne）基金，在南美洲重新建立了纳粹组织；还有人说他曾在60年代帮助中央情报局在古巴的行动，但这些事情都无法得到证实。
在阿根廷盘垣数年后，斯科尔兹内又回到西班牙，成为一名成功的商人。1970年10月，斯科尔兹内在汉堡大学附属医院接受了脊椎外科手术，摘除肿瘤，从此腰部以下瘫痪。1975年7月5日，“欧洲最危险的男人”斯科尔兹内卒于马德里，终年67岁。按照他的遗愿，斯科尔兹内被埋葬在维也纳的多布林格公墓，长伴于其母亲身侧。
