清初为便于统治明代故土，仍沿用明制承宣布政使司，仅改北直隶为直隶，南直隶为江南承宣布政使司，即废除了南京为留都的地位。康熙初，改布政使司为省，因认为全国区划为十五省，其制过大，所以分湖广省为湖南、湖北两省，分江南省为江苏、安徽两省，分陕西省为陕西、甘肃两省，汉地被析为十八省。
在边疆，清朝施行与内地不同的行政区划制度，乃由中央设辖区，委派重臣，如在东北地区设奉天（盛京）、吉林、黑龙江及在外蒙古设乌里雅苏台、在新疆设伊犁5个将军辖区，但伊犁将军一直待在中原，在西藏、西宁设办事大臣辖区，连同内地18省，全国共为26个政区。
在云贵地区则推行土司制度，并在雍正年间完成改土归流。1884年（光绪十年）置新疆省，1887年（光绪十三年）建台湾省，1907年（光绪三十三年）改奉天、吉林、黑龙江三个将军辖区为省，加上内地18省共为23省。因1895年（光绪二十一年）清政府签订了卖国求荣的马关条约，台湾省被割让给日本，所以史称22省。清朝的22省，为中国现代省的政区划分奠定了基础。
乾隆二十五年（1760年），清朝平定准噶尔汗国后疆域达到极盛，北起蒙古唐努乌梁海地区及西伯利亚，南至南海，包括“千里石塘、万里长沙、曾母暗沙”（今南海诸岛），西南达西藏的达旺地区、云南的南坎、江心坡地区等缅甸北部，西抵葱岭、巴尔喀什湖地区，东北抵外兴安岭，包括库页岛，东南包括台湾、澎湖群岛。国土面积达1316馀万平方公里，晚清1908年缩减为约1135万平方公里。
清代山海关以内、长城以南的汉族地区被称为「内地」，又称为「关内」或「汉地」。内地的行政区划承袭了明代「省—府（州）—县」的建制。一级政区为布政使司，通称“行省”或“省”。二级政区为府、直隶州。府管辖的州（散州、属州）不再领县，形成了单式的三级制。清代初年，原为临时差官的巡抚取代布政使，成为一省的长官。在一些民族杂居之处及战略要地，设置了新型政区「厅」，分为省直辖的直隶厅和府辖的散厅。少数直隶厅下辖县。
云南、贵州、广西、四川、湖南、湖北、甘肃等省设有土司，分为宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司和长官司（长官为武职），与土府、土州、土县（长官为文职）。土司的长官以当地各族头人充任，可以世袭，由朝廷或地方官府颁给印信，归所在地方之督抚、驻扎大臣管辖。宣慰等司的长官隶属於兵部、土知府、土知州等官隶属於吏部 。雍正年间，云南、贵州、广西等省的土司开始改行流官制，史称改土归流。光绪、宣统之际，赵尔丰出任川滇边务大臣，四川西部的藏族土司、西藏东部的宗也开始改土归流。
东北为清朝龙兴之地。顺治年间入关後，以驻防八旗留守盛京渖阳。康熙至乾隆年间，逐渐形成三个将军辖区：盛京（奉天）、吉林、黑龙江，地位拟於内地之行省。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。副都统下有总管统领各旗。在汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。居於黑龙江、嫩江中上游的巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、锡伯等族，编入八旗，由布特哈总管、呼伦贝尔总管管辖。黑龙江、乌蘇里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。
明清之际，蒙古分为众多部落（蒙古语称为“艾马克”），部落首领为“部长”（鄂拓克）或“汗”。清太宗时，依照满洲八旗的组织形式，将原属于明朝的部分蒙古军收编为旗，是为蒙古的基本行政单位，其长官为札萨克或总管。旗下设“佐”（苏木），相当於乡。自此蒙古各部落被纳入统一的行政体系之中。在地域上，蒙古地区大致分为察哈尔、内蒙古、西套蒙古、外蒙古（包括土谢图汗部、赛音诺颜部、车臣汗部、札萨克图汗部）、科布多与唐努乌梁海。
清代蒙古又分为内属蒙古与外藩蒙古。内属蒙古包括察哈尔、归化城土默特、唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海等部，各旗由朝廷派遣官员（一般为总管）治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，处於半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，对各旗札萨克进行监管。清代的盟是监察机构，并不能视为一级政区。外藩蒙古又按其归附清朝的先後分为内札萨克蒙古与外札萨克蒙古。内札萨克蒙古又被称为内蒙古，於天命至康熙初年陆续归附清朝。乾隆以後定为二十四部，共四十九旗，设六盟。内札萨克各旗不但政治地位很高，还保留了一定的兵权。康熙中期以後归附清朝的各部落称为外札萨克蒙古，包括漠北的喀尔喀四部、西套蒙古二旗、青海蒙古各部、科布多各札萨克旗、新疆旧土尔扈特部及中路和硕特部。外札萨克各旗无兵权，隶属於当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。其中喀尔喀四部後来演变为外蒙古。
唐努乌梁海（现属俄罗斯图瓦卢共和国）、乌里雅苏台辖喀尔喀四部。（后更名为喀尔喀蒙古，也就是如今的蒙古国）、达里冈爱牧场（与锡林郭勒盟北部以及乌里雅苏台东南部接壤）
清代的青海不包括今西宁、海东、黄南以及青海省边缘的部分地区。统辖青海地方的官员为西宁办事大臣，常驻西宁（属甘肃省）。青海大致以黄河为界，分为青海蒙古和玉树等四十族土司。黄河以北主要为蒙古人，有和硕特、辉特、绰罗斯（准噶尔）、土尔扈特、喀尔喀五大部落。1725年（雍正三年），编青海蒙古为二十七旗，後增至二十九旗，由西宁办事大臣主持会盟。另有察汉诺门罕牧地，实际上单独为一喇嘛旗。1823年（道光三年），分黄河以北二十四旗为左、右翼二盟，每盟设正、副盟长各一人。
西藏在清代又称“唐古忒”、“图伯特”，分为卫、喀木（康）、藏、阿里四部，以及霍尔三十九族地区。西藏地方的行政长官为驻藏大臣，驻喇萨，会同达赖喇嘛、班禅额尔德尼办理藏内政务。其政令由噶厦（西藏官府）执行。西藏的基层政区是宗，大致相当於内地的县，但规模很小。一些贵族、寺庙的庄园领地称为“溪卡”，地位比宗低或者平级。宗的长官为“宗本”，溪的长官为“溪堆”，一般由噶厦委派，也有的由特定寺庙委任。後藏札什伦布附近的几个宗，由班禅直接管理。
清代新疆分为天山北路的准部和天山南路的回部，统属於伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实行伯克制。蒙古旧土尔扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。凖部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐（迪化州）、库尔喀喇乌蘇、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤（镇西府）等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理。回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克蘇、乌什、库车、喀喇沙尔等城。1884年（光绪十年），新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。
清朝的属国主要有：朝鲜、琉球、安南（越南）、南掌（老挝）、暹罗（泰国）、缅甸、廓尔喀（尼泊尔）、哲孟雄（锡金）、浩罕、哈萨克、安集延、玛尔噶朗、那木干、塔什干、巴达克山、博罗尔、阿富汗、坎巨提、苏禄。
其中，琉球、朝鲜先後被日本占领。朝鲜在第二次世界大战後独立（分别由朝鲜民主主义人民共和国和大韩民国政府统治），琉球则被美国非法交给日本代管（二战后曾由美国治理），并持续迄今。
中国与周边国家存在的宗藩关系是一个不争的事实。这种宗藩关系表面上看来是一种以小事大的不平等关系，周边国家要向中国“称藩纳贡”；受中国的册封，并由中国赐予印玺。而实际上这种宗藩关系只是维系中国和周边各国友好关系的一种形式，并不具有统治和被统治的实质性内容。并且，作为宗主国的中国统治者，是以一种“王者不治夷狄，来者不拒，去者不追”的不治主义态度对待外国的、原则上并不干涉藩属国的内政。
中国统治者为了显示自己作为“天朝上国”的富有与大度，总是本着“薄来厚往”的原则，对朝贡者给予大量的赏赐，其价值远远超过朝贡者所进贡的物品，所以，各藩属国总是乐于来华朝贡。有时中国统治者为了减轻自己的负担，也对各国来华朝贡的时间和规模作出种种限制和规定。虽然有些国家有时不按规定而提前来华朝贡，中国政府也都给予了热情接待。再者，各国在来华朝贡的同时，也与中国进行了贸易往来。由此可见，中国与周边国家的这种宗藩关系和近代西方国家间那种表面上平等，而实质上却是弱肉强食的国际关系有着本质的区别；和西方殖民国家的宗主国与殖民地之间的那种控制与被控制、压迫与被压迫、剥削与被剥削、掠夺与被掠夺的关系更是有着天壤之别。
