韩日世界杯结束后，多特蒙德又开始了一个紧张忙碌的新赛季。大黄蜂在02-03赛季的德甲联赛中排名第三，没有出现较大的滑坡。由于赛季开局阶段几场平局的影响，最终还是被斯图加特以一分之差挤了下去，获得了参加欧冠资格赛的名额，但后来又因为负于布鲁日，无缘欧冠八年之久。同期拜仁也以十六分的巨大优势夺冠，开启了属于自己的王朝。从首轮主场2-2战平柏林赫塔到末轮再到末轮和科特布斯握手言和，球队总体表现得平稳，波澜不惊。凯尔出场28次，没有进球。欧战方面，在第一阶段小组赛与阿森纳的比赛中罗西基发挥出色确保小组出线。第二阶段深陷死亡之组后，球队还是在AC米兰和皇马面前败下阵来，无缘1/4决赛。
这一时期，凯尔和队友的关系也渐渐地从朋友变成了战友，配合也更加默契娴熟。不过和他感情最深的还是萨默尔。“我真的为能够在他手下踢球感到很高兴，但没想到他离开得那么快，让我们都有些始料未及。”而他自己也第一次知道了什么是离别:莱曼远走阿森纳，魏登费勒开始坐稳主力位置。但赛季前的热身赛他就和凯尔一起犯了浑……7月28日德国联赛杯决赛（电信杯前身），多特蒙德2-4不敌汉堡。第一次首发出战的魏登费勒因为紧张而失误连连，给了对手可乘之机。凯尔在队友阿多被红牌罚下后愤怒地把裁判推了个踉跄，两人双双被罚，只不过凯尔还被憋屈地停赛六周。事后他解释道“我知道自己的行为相当愚蠢，但那时我绝不是故意为之，希望我可以参加周六的德比大战。”萨默尔则说“凯尔的行为也从侧面反应出大家现在的心态，很渴望胜利，这没错，可是对手呢？我希望接下来近一个月的时间大家可以调整自己的情绪，赛季还没开始。”
那个悲催的赛季多特滑到了第六名，萨默尔也走了，来到了如日中天的拜仁。 萨默尔说：“拜仁是德国最著名的俱乐部。当拜仁给你打电话的时候，是个很特别的荣誉。你不能简单地当做是邮差按了你家的门铃。”他只有犹豫了很短的时间，就接受了拜仁的邀请。慕尼黑媒体认为，这是萨默尔早已经期盼的工作机会，这样他可以就近照顾家庭和孩子，在工作道路上也可以更进一步。（摘自新浪体育）而他的继任者是荷兰名帅范马尔维克，但后者指教过程中一直和俱乐部高层存在着分歧，尤其反感高层的所作所为使财务和转会上的赤字不断扩大，最终二者还是不欢而散。
2004年欧洲杯德国队被分进死亡之组，没能出线，赛后沃勒尔在全体会议上说明了自己将会辞职的打算，所有球员一言不发。之后克林斯曼带着他的技术团队走马上任，开始强调力量足球和用数据来管理足球。2006年的本土世界杯就是证明他理论的最好的一次机会。
揭幕战上，德国队4 ：2横扫哥斯达黎加。拉姆一开场便闪电般地进球为德意志战车先拔头筹，也吹响了凯尔国家队生涯的绝唱。当天也正直他28岁的生日，不知他在欢呼声是否想到了和自已有相同经历的卡恩？首场比赛凯尔没有获得出厂机会，但到了最关键重要的半决赛时，凯尔终于临危受命首发登场。或许他的能力在金色轰炸机的眼中不是顶级，但在最关键的时刻往往需要可以阵得住场面，大赛经验丰富的球员，凯尔是最好的人选。此役凯尔多次与托尼，托蒂拼抢，作风依旧如以往一样硬朗。
尽管意大利的进攻犀利，但莱曼的出色发挥使双方在前90分钟互交白卷。下半场刚一开始，德国后防出现失误，吉拉迪诺突入禁区右侧，在底线附近右脚扣过巴拉克，在门前5米处左脚低射击中近门柱弹回场内！第93分钟，皮尔洛右侧开出角球被破坏，赞布罗塔停球闪开防守，在门前14米处右脚大力抽射击中门楣！！双方反倒在加时赛都放开胆子进攻，几乎成了莱曼与布冯两大门神的表演。在最后关头，格罗索和皮耶罗终于洞穿了莱曼的十指关，意大利队惊险晋级，东道主淘汰。
凯尔赛后只是痴痴的看着欢呼的意大利球员，比起以前的他，经历了更多的失败和不幸，他终于知道什么是坚强。02年的初出茅庐，04年的匆匆过客再到06年遗憾地离场。国家队的大门终于对他缓缓地关闭，只留下名单里标准照的那一张笑脸，姓名:塞巴斯蒂安.凯尔。
06至07赛季德甲揭幕战，本应该是令人兴奋的“国家德比”，却多了几分血色。凯尔遭到拜仁球员萨利哈米季奇的猛烈滑铲，左膝重伤，亦是重创。直到第二年的2月他才得以重返赛场，但竞技水平和能力直线下滑，状态也起伏不定。在这种情况下，进入08年欧洲杯大名单成为了一种奢望，任何一名职业球员终将面对自己职业生涯的低谷，但这一切对于还没从世界杯季军阴影中走出来的他太快，太狠了。此时的多特蒙德在困境中早已变的分崩离析。罗西基加盟阿森纳，扬•科勒去了摩纳哥，功臣沃恩斯更是爆出即将退役。重返巅峰或许只是一个梦，一个童话。
梅策尔德的离开对凯尔的影响最大，面对竞争对手抛出的年薪四百万并签约四年的诱惑，多特蒙德显然无力竞争只能任由他漂流四方。“他一直是我的好朋友，好搭档。他在我后面为我提供最有力的补位和帮助，我很难想象没有他我们的防线会怎么样。”当然，天才少年沙欣的崛起也是那段黑暗，混乱的时期中仅有的几个好消息。和沙欣并肩作战的日子，不知凯尔是否想起了当初的自己？
07-08赛季结束后俱乐部高层终于取得了他们“梦寐以求”的“好成绩”～第十三名，近二十年来最差的名次。在德国杯赛场多特曾一路高歌猛进，在和拜仁慕尼黑的决赛中，凯尔没能防守住更强壮的托尼，后者投球破门让多特连续了五年无冠的尴尬，至此主教练多尔被证明了他的能力仅仅只限于低级别联赛。而美因茨主帅克洛普终于进入到高层的猎头名单里，这又诞生了一段美好的姻缘。多特蒙德，这支俱乐部历经千辛万苦终于走上正轨。克洛普在上任初便将队长袖标赐给凯尔，同时意识到俱乐部的财政只适合着重发展青训，花低价钱买年轻球员进行培养。
08-09赛季是凯尔最高产的一个赛季，28场5球。揭幕战他们客场3-2击败勒沃库森，一周后又1-1战平拜仁。全队上下的表现可圈可点，凯尔丰富的经验帮助年轻球员更快地适应了德甲。2008年9月13日主场多特对阵沙尔克的比赛让大家知道什么是克洛普的多特蒙德，沙尔克一度凭借法尔范和韦斯特曼的破门领先三球。危机时刻凯尔和苏博蒂奇挺身而出阻止了客队下半场的几波进攻。前者不停地长传给克利莫维茨和弗雷，后者接弗雷的角球扳回一城。最终弗雷两射一传为球迷奉献了一场荡气回肠的3-3。
“没有不可能！多特蒙德创造了奇迹！弗雷万岁！不看这场比赛，你或许更本不知道什么叫做奇迹！”解说员嘶吼着欢呼，凯尔和渣叔看着还有余悸的胡梅尔斯和库巴，露出了欣慰的笑容。
